检测室是农贸市场必备的配套服务设施之一，也是食品安全保障实行的重要窗口。在全国各地的农贸市场建设规范中，都会对食品安全检测室做出一定要求，例如《浙江省星级文明规范市场标准》规定，二星级及以上农贸市场必须设置检测室，配置食用农产品检测设施，配套检测人员，每周食用农产品安全快速定性检测不少于5天，每天不少于12批次。
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一般而言，检测室需要具备事宜的面积，以确保检测设施、检测人员的工作正常进行，以15平方左右为宜；并且应当设置在农贸市场主要动线附近，避免形同虚设。
农贸市场食品安全检测室的检测对象有蔬菜、水果类中有机磷、氨基甲酸类农药残留检测（包括农药厚度及其有毒代谢物、降解物和杂质）以及蔬菜、大米、粉丝、水泡制品、豆制品、干货中含甲醛、吊白块、氧化硫（SO2）、亚硝酸盐、双氧水、硼砂等毒素；注水肉检测。凡可由感官检测的商品（如腐烂、变质）一律由检测室和市场行政联合巡查检查。
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检测方式和工具：用科学的食品安全检测箱（仪）和农药残留检测仪及新型电脑式检测仪检测。这里，一类是电子检测，一类是试剂式目测定性检测。
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检测程序和办法根据各个市场自身情况，因地制宜，往往对检测时间、抽检批次、检测流程、公示结果等工作会进行一定规定，不可低于规范要求的批次数量，且检测结果当日晨立即在商品检测结果公示栏、各显示屏、网上公布。
如出现蔬菜等商品农残超标或有毒现象的不合格商品时，严格按销毁制度和程序予以撤柜、计秤、拍照、签字、销毁和记录处理。检测重点的嫌疑商品、重点目标摊位、及普查检测，需在全天经营期间，用不定时的抽查法进行特殊检测。
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检测员名义上负责检测工作，实际与市场的日常管理人员、行政人员等也会存在一定的工作内容上的交叉，所以需要检测员、管理员、行政人员各方共同配合，关注食品安全工作，重点是对腐败、变质、过期、三无、无QS标志、假冒伪劣、未检疫商品等实施“长效动态制”的行政督查。如遇工商等部门对特殊商品的查验或销毁指令时，按上级精神办理。
对食品安全检测员的一般要求为：检测员必须经市（区）相应工商、技监部门技术培训合格后方可上岗。检测室配置一专二兼职人员。兼职人员也须经初级培训。检测员在检测期间应穿白大褂上岗，始终保持室内清洁卫生。
日常除“四害”的消杀工作，规定用粉末药物法、禁用喷洒法。树立正确的食品安全责任意识，要按检测仪器生产厂家规定的检测程序和方法操作，做到公正执法，不弄虚作假。